Зав. отделением Аубакиров Д. К – хирург I категории.
Отделение торакальной хирургии развернуто на 30 коек. Единственное в области отделение оказывающее специализированную помощь больным с доброкачественными заболеваниями средостения, пищевода, легких и плевры. В отделении впервые в центральном Казахстане внедрены трансхиатальные вмешательства на пищеводе. Активно оперируются пациенты с паразитарными заболеваниями легких, в том числе с сочетанными поражениями легких и печени.